先给结论：两地学籍系统完全不联通，不会「正面冲突」；但「同时保留两地有效在校学籍」基本做不到，想做也属于违规操作。分开看两边的规则。
香港这边，没有内地那种全国统一的「学籍号」和联网学籍系统。香港学生就读靠的是每间学校自己的学生记录，教育局层面有为派位、资助而设的统计文件，但不存在「香港学籍 vs 内地学籍二选一」的冲突。孩子入读香港学校后，就是这间香港学校的学生，与内地学籍系统无关。
内地这边，2025年教育部新修订的《中小学生学籍管理办法》（教基〔2025〕1号）把规则写得很清楚。第二十条规定：学生到境外就读的，应当凭有效证件到学籍所在学校办理相关手续，学校将学籍档案转入上级学籍管理部门；回到境内后仍要接受基础教育的，凭相应学习记录进入对应年级就读，学校应接续学籍档案，并把出境学习经历在学籍信息中标记。同时第二十五条要求学校至少每学期核准一次学籍，确保「人籍一致」，严肃处理「人籍分离」「空挂学籍」等问题。